《解深密經》的核心思想在論證一切外境外法與識的關繫，認為一切諸法乃識之變現，阿賴子耶識是生死輪回的主體，是萬物生起的種子。經中還提出了著名的“三性”、“三無性”問題，併深入地論述了一切虛妄分別相與真如實性的關繫。
